На верх­нем яру­се в хра­ме воин­ской сла­вы рас­по­ло­же­на музей­ная экс­по­зи­ция, основ­ную часть кото­рой состав­ля­ет музей воен­но­го духо­вен­ства. Экс­по­на­ты музея, раз­ме­щен­ные здесь стен­ды и инфор­ма­ци­он­ные киос­ки рас­ска­зы­ва­ют об исто­рии и тра­ди­ци­ях слу­же­ния воен­но­го духо­вен­ства в Рос­сии, о подви­гах свя­щен­ни­ков, духов­но окорм­ляв­ших армию и флот, и о совре­мен­ном слу­же­нии духо­вен­ства в вой­сках.

Здесь же, рядом с музе­ем воен­но­го духо­вен­ства, рас­по­ло­же­ны стен­ды и вит­ри­ны с экс­по­на­та­ми, уже под­го­тов­лен­ны­ми для экс­по­зи­ции посте­пен­но созда­ю­ще­го­ся музея Костром­ско­го крем­ля. Его так­же назы­ва­ют «музе­ем четы­рех крем­лей», имея в виду четы­ре исто­ри­че­ских эта­па крем­лев­ско­го стро­и­тель­ства в Костро­ме:

• пер­вый кремль – дере­вян­ный, рас­по­ла­гав­ший­ся у места впа­де­ния в Вол­гу реки Сулы, создан­ный в XIII веке и уни­что­жен­ный пожа­ром 1413 года;
• вто­рой кремль – осно­ван­ный в 1415–1416 годах ниже по тече­нию Вол­ги от сго­рев­ше­го пер­во­го крем­ля, пер­во­на­чаль­но с дере­вян­ным (а с XVI века – камен­ным) Успен­ским собо­ром, раз­ру­шен­ный пожа­ром 1773 года;
• тре­тий кремль – собор­ный ансамбль, воз­двиг­ну­тый в Костром­ском крем­ле после пожа­ра 1773 года и почти пол­но­стью уни­что­жен­ный в 1934 году;
• чет­вер­тый кремль – вос­со­зда­ва­е­мый с 2015 года.